En varios estudios realizados en Estados Unidos y en Europa se ha evidenciado que las plagas de Lepidópteros han adquirido resistencia a la toxina del Bt. Por esta razón la industria y las autoridades regulatorias hacen obligatoria la implementación de áreas refugios, con el fin de retardar la aparición de dicha resistencia. Aunque existe un consenso en la comunidad científica de que la resistencia de todas formas se presentará, la pregunta es ¿Cuándo ocurrirá?. Esta situación genera que la tecnología Bt sea inefectiva a largo plazo de tal manera que los agricultores se verán obligados a retomar el uso de los insecticidas que supuestamente iban a disminuir, con el uso de la tecnología del Bt en sus cultivos transgénicos. Insecticidas que además, son propiedad de las mismas empresas que tienen la patente de estos cultivos.
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